Rahastot ja säätiöt
Suomalaiselle Tiedeakatemialle on kertynyt lahjoituksina ja testamentteina varoja, jotka on rahastoitu. Tiedeakatemialla on kolme rahastoa ja kaksi säätiötä.
Tiedeakatemia jakaa vuosittain yli 2,5 miljoonaa euroa apurahoina ja palkintoina tieteelle, erityisesti nuorille tutkijoille. Kaikki rahastot ja säätiöt järjestävät avoimia apurahahakuja. Apurahoja myönnetään laajasti läpi tiedekentän.
Eino Jutikkalan rahasto
Eino Jutikkalan rahaston juuret ovat joulukuussa 2006. Akateemikko, Suomalaisen Tiedeakatemian pitkäaikainen jäsen ja kunniajäsen Eino Jutikkala oli määrännyt testamentissaan Suomalaisen Tiedeakatemian pääperijäkseen.
Emil Öhmannin Säätiö
Emil Öhmannin säätiö perustettiin vuonna 1993. Säätiöön on sijoitettu Tiedeakatemian entisen yleissihteerin Emil Öhmannin tähän tarkoitukseen testamenttaama omaisuus.
Hilkka ja Otto Brusiinin Säätiö
Oikeustieteellistä tutkimusta rahoittava Hilkka ja Otto Brusiinin Säätiö siirtyi loppuvuodesta 2006 Suomalaisen Tiedeakatemian hallintaan. Säätiön juuret ovat vuodessa 1984, jolloin perustettiin Otto Brusiinin stipendirahasto.
Matematiikan rahasto
Matematiikan rahasto on perustettu vuonna 1979. Sen peruspääoman muodostui kansainvälisen matemaatikkokongressin ICM-78 ylijäämästä. Rahasto on myöhemmin saanut lahjoituksia Sinikka Nevanlinnalta ja I. S. Louhivaaralta.
Vilho, Yrjö ja Kalle Väisälän rahasto
Vilho, Yrjö ja Kalle Väisälän rahasto on perustettu professori Vilho Väisälän vuonna 1963 tekemän osakelahjoituksen turvin. Rahaston ensimmäiset apurahat jaettiin vuonna 1964.